第3回 IT創薬コンテスト:「コンピュータで薬のタネを創る3」
(2016/10/4更新) 本コンテスト表彰式のプログラムを更新しました. 10月27日(木)13:30~17:00 ◆プログラム 13:30‐13:40 開会挨拶 13:40‐13:55 コンテスト詳細、ルール説明 13:55‐14:05 結果発表 14:05‐15:00 各グループ手法発表(5分×11グループ) 15:00‐15:30 休憩 15:30‐15:45 解析結果発表 15:45‐16:45 受賞者発表(20分×3グループ) 16:45‐16:55 表彰式 16:55‐17:00 閉会挨拶 (17:15-18:30 東京工業大学 科学技術創成研究院 スマート創薬研究ユニット (ACDD) キックオフシンポジウム)
「薬を一つ創る」、このためには十数年に渡る期間と一千億円以上に及ぶ膨大な費用が必要であり[1]、加えて近年はこの研究開発費がますます増加しています。そのため、創薬のための新しい技術が世界的に模索されており、こうした中で、コンピュータを利用した効率的な創薬方法(IT創薬)に高い関心が寄せられています。 非営利活動法人 並列生物情報処理イニシアティブ (IPAB)ではIT創薬を広く浸透させること、IT創薬の裾野を広げることを目的として、創薬プロセスの上流であるヒット化合物(薬のタネ)の探索をテーマにコンテストを実施してきました。このコンテストでは、化合物ライブラリの中から、課題とした標的蛋白質の機能を強く阻害する化合物を参加グループに予測・選択してもらい、実際にそれらの化合物の阻害活性をアッセイ、ランキングし、“良い”化合物を提案したグループを表彰します。また、コンテストと銘打ってはいますが、勝敗を決めるのは二の次で、むしろ、大学生・大学院生・創薬にかかわる研究者に、「自分たちで化合物を選択する。そのアッセイ結果が実際にフィードバックされる」という過程を経験してもらうことでIT創薬に関わる人材の育成をしていくことを目的としています。 過去に行われた第1回(2014年)[2]、第2回(2015年)のコンテストでは産業界・学界から、IT創薬のプロフェッショナル・IT創薬に関しては素人を名乗るグループ・学生グループなど十数グループの参加がありました。このような多様な参加グループが同じ課題に対して取り組み、議論をすることで色々なことを学ぶ機会を提供でき、結果としてIT創薬に関する人材育成に貢献できたと考えています。加えて、第1回と同一の標的蛋白質をテーマにした第2回では、第1回と比較して多くのヒット化合物をみつけることができました。これは参加者が前回の経験を活かすことができた結果といえます。 今回の第3回では、あらたな蛋白質を標的に設定し、アッセイ手法も近年注目されているThermal Shift Assayを採用し、参加される皆様に実りの多いコンテストになるように企画しております。前回、前々回に引き続き、多くの方々に御参加を頂ければ幸いです。
[1] Mullard, New drugs cost US$2.6 billion to develop, Nature Reviews Drug Discovery 13, 877 (2014)
コンテスト概要参加者に標的蛋白質に対して阻害活性を有すると思われる化合物を指定した化合物ライブラリから予測して頂き、その化合物のIDを提出して頂きます。その後、コンテスト運営委員会でそれらの化合物について実際にアッセイを行い、その結果で化合物の阻害活性をランキングし、予測結果を評価します。
参加資格以下の項目に同意して頂ければどなたでもコンテストへの参加が可能です。参加に際して、参加費等の費用は一切かかりません。また、参加者は匿名での応募も可能です。ただし、運営委員内での管理のために参加登録時には氏名、所属機関、役職を運営委員会に連絡して頂く必要がございます(匿名を希望された場合、外部には公開されません)。また、参加は複数のメンバーからなるグループ単位で行って頂きますが、各メンバー(参加者)は複数グループに重複して所属することはできませんのでご注意下さい。 参加要件
参加方法ルール、参加要件をご確認の上、問題がなければ下記の手順で参加グループの登
録を行って下さい。
ルールの詳細(ルールブック)についてはこちらからPDF版のダウンロードも可能です。 (1月29日にアッセイ条件等を追記を致しました。古い版をお持ちの方はお手数ですがご確認下さい。)
参加登録参加登録は電子メールにて行って下さい。 参加を希望するグループは代表者が登録するメールアドレスからcadd-contest@bi.cs.titech.ac.jp まで、「グループ名」、「代表メールアドレス」、「メンバー(氏名、所属、役職、情報公開の可否)」の情報を「第3回IT創薬コンテスト参加登録」のタイトルでお送りください。 情報の公開を不可としたメンバーにつきましては、その方の情報は
「匿名希望」として公表させて頂きます。所属、役職など一部の情報のみを公開不可とすることも可能ですが、その際は別途運営委員会(cadd-contest@bi.cs.titech.ac.jp)までご連絡下さい。また、参加登録後、確認のメールが送られてこない場合はお手数ですが運営委員会までお問い合わせ下さい。
件名:第3回IT創薬コンテスト参加登録 登録例) グループ名: IPAB 代表メールアドレス: hoge@foo.bar.com メンバー: アイパブ 太郎(IPAB大学 創薬科学科 修士学生) 公開可 (代表) コンテスト 花子(IT創薬株式会社 研究員) 公開不可 標的蛋白質Human NAD-dependent protein
deacetylase sirtuin 1(Sirtuin 1)を標的蛋白質とします。この蛋白質の脱アセチル化を阻害する化合物の探索が今回のテーマとなります。
標的蛋白質のアミノ酸配列アッセイのためのSirtuin1の発現には、NCBI Reference Sequence: NP_036370.2の配列が用いられます。詳細は以下のURLをご参照ください。 なお、この標的蛋白質については阻害剤に加えて多数の活性化剤が知られています。今回のコンテストでは、阻害活性を有すると思われる化合物の探索を目的としておりますのでご注意ください。
化合物ライブラリ化合物探索に用いる化合物ライブラリは、Enamine社提供の約250万化合物を収載したものを本コンテスト用に編集(Sirtuinファミリーに薬理活性を持つ化合物を除去)したものとします。以下リンクからダウンロードが可能です。 (507845896
Byte, MD5sum: b3a54e4197ebcfa3a6c3ffdf7e373e73)
なお、このライブラリに存在してもEnamine社の在庫状況の変化により生じた在庫切れにより、アッセイが行えない可能性もありますので、予めご了承ください。また、構造、Id number、Link以外に併記されている値(LogPなど)は計算値です。
※Enamine社の詳細については、以下URLをご参照ください
ルール提案化合物数各グループには400個の候補化合物のIDを、それぞれに優先順位を付けて提出して頂きます。この化合物数の上限は在庫切れによる欠品をカバーするために、多めに設定されています。全ての化合物がアッセイされるわけではありませんので、ご了承ください。
チームのグレード分けとアッセイ数アッセイが可能な数には限界があるため、応募グループが多数となった場合には、審査員の判断によって各グループのアッセイを行う化合物の数を制限いたします。実際にアッセイされる化合物は、各グループがあらかじめ指定した優先順位に従って決定いたします。また、これらの評価化合物に入っていない化合物から、審査員が選出しこれらもアッセイに回す分「審査員評価枠」を設ける場合があります。以下の表は5グループが参加した場合の例です。グレードに対応する化合物数は審査員により決定されるためこれらの数値から変動いたします。アッセイ総数も変動する場合がございますのでご了承ください。
なお、応募者多数の場合は、グレードC(評価化合物数=0、審査員評価枠は制限なし。)を設ける場合があります。
また、異なるグループからの応募でも手法の差異が小さいと認定された場合は、それらのグループは同一グループであるとみなす場合がありますのでご了承ください。
アッセイの方法アッセイはBientaが担当し、化合物の添加によるSirtuin1の熱安定性の変化の測定(Thermal shift assay, TSA)を行い、TSAによるヒット化合物について阻害活性の測定を実施します。以下にそのフローと詳細を示します。
注)これらの値および蛋白質を予定していますが、実際のアッセイ結果や状況によっては変更される場合がございます。
※BientaはEnamine社のバイオロジー部門です。詳細は以下URLをご参照ください。 化合物の評価方法化合物のアッセイ結果(阻害率またはIC50)に基づき、以下の項目それぞれについて独立に評価いたします。
ChEMBLやBindingDBなどの化合物データベースに存在する既知Sirtuin 1阻害化合物との類似性が低いヒット化合物を評価いたします。
阻害活性の強さ(阻害率またはlog(IC50)など)を重原子数で割った値を計算し、重原子数が比較的小さいにもかかわらず高い阻害活性もつ化合物を評価いたします。 なお、審査委員会により上述の基準とは異なる観点を用いた評価も行われる場合があります。
スケジュール2016年1月20日(水): コンテスト開始 ・標的蛋白質名発表 ・化合物ライブラリのダウンロード開始 ・参加グループ登録、化合物ID提出開始 2016年5月20日(金): 参加者による提案化合物の提出締切 ←締め切りました 2016年8月頃: アッセイ結果の参加者への公表 2016年10月27日(木): コンテスト表彰式(CBI学会2016年大会内フォーカストセッションFS-12にて) 広告掲載のお願い(締切ました.多くのご賛助を賜りありがとうございました.) 本コンテストの趣旨にご賛同くださり、IT創薬の一層の活性化をともに目指してくださるスポンサーを募集しています。 詳細につきましては以下の概要をご確認頂き、お申込みは以下からダウンロードできる申込書をご利用ください。 是非ともご支援をお願いいたします。
賛助団体・賛助企業
運営、審査体制運営委員会関嶋政和(委員長、東京工業大学/IPAB理事・創薬情報WG担当)、石田貴士(東京工業大学)、千葉峻太朗(東京工業大学)、大上雅史(東京工業大学) 審査委員会広川貴次(委員長、産業技術総合研究所)、本間光貴(理化学研究所)、池田和由((株)レベルファイブ) 問合せ先cadd-contest@bi.cs.titech.ac.jp (担当:千葉峻太朗 )
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