第2回IPABコンテスト: 「コンピュータで薬のタネを創る2」
※コンテストの結果と受賞者はこちらを御覧ください→ 「第2回IPABコンテスト: 「コンピュータで薬のタネを創る2」 結果」のページ
「薬を一つ創る」、このためには十数年に渡る期間と数百億円に及ぶ膨大な費用が必要であり、加えて近年はこの研究開発費がますます増加しているため、創薬のための新しい技術が世界的に模索されています。こうした中で、コンピュータの利用する方法(IT創薬)に高い関心が寄せられています。 IPABではIT創薬を広く浸透させること、IT創薬の裾野を広げることを目的として、創薬プロセスの上流であるヒット化合物(薬のタネ)の探索をテーマにコンテストを実施いたします。このコンテストでは、化合物ライブラリの中から、課題とした標的蛋白質の機能を強く阻害する化合物を参加グループに予測・選択してもらい、実際にそれらの化合物の阻害活性をアッセイ・ランキングし、“良い”化合物を提案したチームを表彰します。コンテストと銘打ってはいますが、勝敗を決めるのは二の次で、むしろ、大学生・大学院生・創薬にかかわる研究者に、「自分たちで化合物を選択する。そのアッセイ結果が実際にフィードバックされる」という過程を経験してもらうことでIT創薬に関わる人材の育成をしていくということを目的としています。 2014年1月から7月にかけて「コンピュータで薬のタネを創る」と題して実施した第一回IPABコンテストでは、産業界・学界から、IT創薬のプロフェッショナル・IT創薬に関しては素人を名乗るグループ・学生グループなど10グループ参加がありました。この多様な参加グループが同じ課題に対して議論し色々なことを学ぶ機会を提供でき、IT創薬に関する人材育成に対して貢献できたと考えています。 今回の第二回では、前回の経験を踏まえ、アッセイ化合物数の増加や化合物の“良さ”を評価する新たな軸の導入などを検討し、参加される皆様に実りの多いコンテストになるように企画しております。前回に引き続き、多くの方々に御参加を頂ければ幸いです。
コンテスト概要参加者に標的蛋白質に対して阻害活性を有すると思われる化合物を指定した化合物ライブラリから予測して頂き、その化合物のIDを提出して頂きます。その後、IPABでそれらの化合物について実際にアッセイを行い、その結果で化合物の阻害活性をランキングし、予測結果を評価いたします。
参加資格以下の項目に同意して頂ければどなたでもコンテストへの参加が可能です。参加時に氏名、所属機関を明らかにして頂く必要はなく、連絡先を明記して頂ければ匿名での応募も可能です。また、参加に際して、参加費等の費用は一切かかりません。 参加要件
標的蛋白質Human c-Yes kinaseを標的蛋白質(第1回大会と同一)とし、このリン酸化活性を阻害する化合物の探索をテーマとします。このキナーゼは、チロシンキナーゼのなかの、Srcファミリー(Blk, Fgr, Fyn, Hck, Lck, Lyn, Src, Yes, Yrk)の一つです。 標的蛋白質のアミノ酸配列アッセイのためのc-YESの発現には、NCBI NM_005433 のcDNA配列が用いられます。対応するアミノ酸質配列はNP_005424となります。詳細は以下URLをご参照ください。 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_005424
化合物ライブラリ化合物探索に用いる化合物ライブラリは、Enamine社提供の約240万化合物を収載したものを本コンテスト用に編集(Srcファミリーの既知阻害剤などを除去)したものとします。以下リンクからダウンロードが可能です。
(507,408,884 Byte, MD5sum:
8b1c50b3de56a669353ccc62d5bbf69e)
また、Srcファミリーの既知阻害剤としては以下のリストを除外しました。
(1,244,093 Byte, MD5sum: 872877b9a0fc5511ebf531d1a114ef1b)
なお、このライブラリに存在してもEnamine社の在庫状況の変化により生じた在庫切れにより、アッセイが行えない可能性もありますので、予めご了承ください。また、構造、Id number、Link以外に併記されている値(LogPなど)は計算値です。
※Enamine社の詳細については、以下URLをご参照ください
ルール提案化合物数各グループには400個以内(できれば400個)の候補化合物のIDを、それぞれに優先順位を付けて提出して頂きます。この化合物数の上限は在庫切れによる欠品をカバーするために、大目に設定されています。全ての化合物がアッセイされるわけではありませんので、ご了承ください。
チームのグレード分けとアッセイ数
アッセイが可能な数には限界があるため、応募グループが多数となった場合には、審査員の判断によって各グループのアッセイを行う化合物の数を制限いたします。実際にアッセイされる化合物は、各グループがあらかじめ指定した優先順位に従って決定いたします。また、これらの評価化合物に入っていない化合物から、審査員が選出しこれらもアッセイに回す分「審査員評価枠」を設ける場合があります。以下の表は5グループが参加した場合の例です。グレードに対応する化合物数は審査員により決定されるためこれらの数値から変動いたします。アッセイ総数も変動する場合がございますのでご了承ください。
なお、応募者多数の場合は、グレードC(評価化合物数=0、審査員評価枠は制限なし。)を設ける場合があります。
また、異なるグループからの応募でも手法の差異が小さいと認定された場合は、それらのグループは同一グループであるとみなす場合がありますのでご了承ください。
アッセイの方法アッセイは、Bientaが担当し、Promega社のADP-Glo kinase assay platformでpoly(Glu-Tyr) substrateを使用したYES kinaseスクリーニングのキットが用いられます。アッセイは以下の順序で行われます。
※BientaはEnamine社のバイオロジー部門です。詳細は以下URLをご参照ください。 化合物の評価方法化合物のアッセイ結果(阻害率またはIC50)に基づき、以下の項目それぞれについて独立に評価いたします。
ChEMBLやBindingDBなどの化合物データベースに存在する既知Src阻害化合物との類似性が低いヒット化合物を評価いたします。
阻害活性の強さ(阻害率またはlog(IC50)など)を重原子数で割った値を計算し、重原子数が比較的小さいにもかかわらず高い阻害活性もつ化合物を評価いたします。 スケジュール2015年1月15日(木):コンテスト開始 ・標的蛋白質名発表 ・化合物ライブラリのダウンロード開始 ・参加グループ登録、化合物ID提出開始 2015年3月20日(金):化合物ID提出 締切り
2015年6月:アッセイ結果の公表 2015年7月:コンテストの講評
広告掲載のお願い本コンテストの趣旨にご賛同くださり、IT創薬の一層の活性化をともに目指してくださるスポンサーを募集しています。 お申込みは以下からダウンロードできる申込書をご利用ください。是非ともご支援をお願いいたします。
賛助団体・賛助企業
運営、審査体制運営委員会関嶋政和(委員長、東京工業大学/IPAB理事・創薬情報WG担当)、大野一樹(株式会社カタリスト/東京工業大学)、石田貴士(東京工業大学)、千葉峻太朗(東京工業大学) 審査委員会広川貴次(委員長、産業技術総合研究所)、本間光貴(理化学研究所)、池田和由((株)レベルファイブ) 問合せ先ipab-contest@bi.cs.titech.ac.jp (担当:千葉峻太朗 )
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