第2回IPABセミナー／IPABコンテスト：「コンピュータで薬のタネを創る」発表会・表彰式

IPABは、2013年12月のシンポジウム時に、それまで暖めていた啓蒙と人材育成を目的とした新規の事業であるIPABコンテスト：「コンピュータで 薬を作る」を発表いたしました。これは、運営委員会が設定する創薬ターゲットに対して、参加者がそれぞれの手法で阻害活性がある化合物を提案し、ヒット化 合物を探索するというものです。2014年3 月までに10の国内外のチームの参加者が化合物の提案をし、6月までにアッセイが終了いたしました。今回、参加者の提案手法はタンパク質の立体構造情報に 基づく方法(Structure Based Drug Discovery, SBDD)、リガンドの情報に基づく方法(Ligand Based Drug Discovery, LBDD)、これら2つを組み合わせた方法の3通りに分かれていました。7月17日には、これらのチームの参加者が集結し、それぞれの手法の説明や苦労し た点、工夫した点など、実際に頭と手を動かしたからこそ得られる知見についての発表・議論が、コンテスト結果の表彰と共に行われる予定です。また、IT創 薬分野の先導的研究者である理化学研究所の本間光喜先生にも基調講演をお願いしており、多くの皆さんのご参加をお待ちしております。

日時　2014年7月17日（木）　13：30～17：20　（受付開始13：00～）
場所　東京工業大学（大岡山）西8号館E棟10階大会議室　　　〒152-8550 目黒区大岡山2-12-1
参加費　無料　（懇親会費：2,000円）
主催　特定非営利活動法人 並列生物情報処理イニシアティブ（IPAB）

◆プログラム◆

• 開催報告

関嶋委員長の挨拶	参加グループの手法のプレゼン	質疑応答	グランプリIMSBIOグループと広川審査委員長	集合写真

本事業では標的蛋白質（Human c-Yes Kinase）の酵素活性を強く阻害する化合物の探索をテーマにコンテストを企画いたしました。お陰様で10グループにご参加いただき、合計600化合物 の阻害率測定実験を行い7つのヒット化合物を得ることができました。グループの内訳は、産業界から3グループ、アカデミアから7グループとなり、学生やポ ストドクターが主導するグループが半数を占めました。また、ふだん実験までは行うことのないIT創薬の研究者や全くの素人を自称するグループもあり、結果 として「伸びしろのあるグループ」から多くのご参加をいただきました。一方、IT創薬分野で著名な独立行政法人 医薬基盤研究所の水口賢二氏のグループにもご参加いただけました。発表会は「伸びしろのあるグループ」とプロフェッショナルが同じ課題に対して一緒に議論 できる貴重な機会となり、本事業の「IT創薬分野の人財育成」という目的が効果的に果たされたと確信しています。加えて、Kinaseの阻害剤として新規 性のある化合物も得られたことから学術的にも意義のあるコンテストとなりました。参加グループや発見された化合物の詳しい情報は添付しております予稿集を ご覧ください。この成果は論文としてまとめられ学術誌に投稿される予定です。

• 受賞情報

グランプリ　NEC賞

機械学習アルゴリズムRandomForestによるヒトc-Yesキナーゼ阻害剤のバーチャルスクリーニング
IMSBIO（グループ 6）：株式会社情報数理バイオ

グランプリ　Nvidia賞

Prioritization of YES kinase inhibitors using protein structure based pharmacophore models and enriched maximum common substructures
Mizuguchi Lab（グループ10）：独立行政法人医薬基盤研究所

健闘賞　ナミキ商事賞

タイトルなし
The Okinawa Institute of Science and Technology Graduate University(Kitano Unit, OIST)（グループ2）：沖縄科学技術大学院大学

健闘賞　ナミキ商事賞

マルチプルテンプレートを用いたリガンド情報に基づくバーチャルスクリーニング
Chicken_George（グループ5）：名古屋大学

健闘賞　ナミキ商事賞

機械学習法を用いたc-YES kinase阻害剤探索
von（グループ8）：株式会社未来創薬研究所

健闘賞　ナミキ商事賞

Identification of novel c-yes kinase inhibitors
Gromiha-Velmurugan（グループ9）：インド工科大学マドラス校

審査員特別賞　学生奨励賞

ゲーム機でバーチャルスクリーニングしてみた
inferist（グループ3）：東京大学

審査員特別賞　学生奨励賞

拘束付きDockingによる化合物探索
東工大 TSUBAMEグループ（グループ7）：東京工業大学

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