IPAB2008 / AHeDD2008 合同シンポジウム

日 時 :   2008年10月16日（木）～17日（金）
場 所 :   SGIホール（恵比寿） （東京都渋谷区恵比寿4-20-3　恵比寿ガーデンプレイスタワー　B1階）
参加費: 　無料　　【要事前登録】申込はこちらから。リンク

当シンポジウムは終了いたしました。たいへん多数のご来場を賜り、ありがとうございました。

おって、会員限定ページを中心に、シンポジウムの資料などを掲載して参ります。

また今回の予稿集を実費販売（２０００円予定、非会員購入可）することを計画しております。

■主催:

特定非営利活動法人　並列生物情報処理イニシアティブ （IPAB）
AHeDD 2008実行委員会

■協賛：

東京工業大学 グローバルＣＯＥ 「計算世界観の深化と展開」
日本バイオインフォマティクス学会
情報計算化学生物学会
日本医療情報学会
人工知能学会
情報処理学会 （バイオ情報学研究会, 数理モデル化と問題解決研究会, ハイパフォーマンスコンピューティング研究会）
Bioinformatics and Molecular Design Research Center (BMDRC), Korea
Drug Discovery and Design Center (DDDC), China

■シンポジウムのテーマ：

アクセラレータ技術（GPGPU, Cell/B.E.他）とその生物医学的応用、製薬支援のための計算技術（virtual screening, ADME, 等）、医療情報学、その他のバイオインフォマティクスまたは計算生物学に関連した話題。

■使用言語：

第１日：日本語および英語
第２日：英語

ごあいさつ

「IPAB2008/AHeDD2008合同シンポジウム」は、IPAB2008とAHeDD2008の　２つのシンポジウムを融合させた合同イベントとして開催いたします。テーマは「創薬・ゲノム・医療情報処理のアクセラレーション」です。近年大きな話題となっているハードウェア・アクセラレータ技術の最先端情報の紹介から、その創薬・ゲノム・医療情報処理への応用までをカバーします。２日間のプログラムでは、２件の特別講演、１９件の招待講演、２１件のポスター発表、７件のデモ展示・セミナー等が準備されています。

IPAB2008（第９回IPABシンポジウム）は、特定非営利活動法人 並列生物情報処理イニシアティブ（IPAB）によって、毎年開催されているシンポジウムの第９回目にあたります。いっぽう、AHeDD2008（第４回AHeDDシンポジウム）は、韓国・中国・日本などのアジア諸国の創薬支援研究者が集まるAHeDD (Asia Hub for e-Drug Discovery) プロジェクトによる国際シンポジウムであり、過去３回はそれぞれ済州島(2005)、ソウル(2006)、上海(2007)で開催されてきました。今回の日本開催にあたり、AHeDDの日本支部も務めるIPABが、恒例のIPABシンポジウムと融合する形でAHeDD2008シンポジウムを誘致することとなりました。

特定非営利活動法人　並列生物情報処理イニシアティブ（IPAB）は、並列処理やグリッド技術などの最先端の情報工学の手法を最大限に活用することにより生命科学の難問の解決に貢献し、その成果の産業化および社会還元を目指しています。　　　毎年のシンポジウムは、会員以外の方々に広く情報を発信する場として、特に力を入れてきました。本年のシンポジウムは初めて２日間の連続開催といたします。第一日は、平成２０年度に設置した３つのワーキンググループの主査がそれぞれ企画し、アクセラレータ技術、医療情報学、創薬情報学の３分野のセッションを用意しています。学界及び産業界で先端的な活躍をされている方々に御講演をお願いすることができました。第２日はAHeDDに関連した内外の著名研究者をお呼びした国際的なセッションを企画しました。各国の学会長クラスの先生方から気鋭の若手研究者までが広く参加され、最先端の研究成果を判りやすくお話して頂ける貴重な機会です。

この合同イベントの実施が、関連分野の皆様の国際交流、異分野交流を進展させるための一助となれることを祈っております。ご参加頂き、誠にありがとうございます。

NPO法人 並列生物情報処理イニシアティブ (IPAB)　理事長

AHeDD2008実行委員会　委員長  秋山　泰

IPAB2008 / AHeDD2008合同シンポジウム
プログラム

第１日：　10月16日（木）　“IPABの新展開”

10:00-10:05  開会のご挨拶
秋山　泰　（IPAB理事長 / 東京工業大学）

10:05-11:45  セッション１: アクセラレータ技術
企画: 小西史一　（IPAB副理事長，アクセラレータWG主査 / 東京工業大学）
10:05-10:35    佐貫俊幸　（日本アイ・ビー・エム（株）　技術理事）
“ペタ・スケール・コンピューティングに向けての挑戦”
10:35-11:05    田村陽介 （（株）フィックスターズ　CTO）
“Cell/B.E.におけるソフトウェア開発の現状と応用事例”
11:05-11:35   橋本昌嗣　（日本SGI（株）　CTO）
“GPUコンピューティングの可能性”
11:35-11:45   小西史一　（東京工業大学）
“IPABにおけるアクセラレータWG活動の紹介”

11:45-13:00  昼休み
ランチョンセミナー（参加無料）　エヌビディア　ジャパン / （株）エルザ　ジャパン 
企業展示、および学術ポスター展示

13:00-13:50  特別講演
萩原兼一　（大阪大学　大学院情報科学研究科）
“GPGPUによる医用画像処理について”

13:50-15:20  セッション２: 医療情報学
企画: 日紫喜光良　（IPAB理事，医療情報学WG主査 / 東邦大学）
13:50-14:20      日紫喜光良　（東邦大学　理学部情報科学科）
“IPABにおける医療情報学への取り組み”
14:20-14:50      鈴木　穣　（東京大学　大学院新領域創成科学研究科）
“次世代シークエンサーを用いた完全長cDNAの解析”
14:50-15:20      水島　洋　（東京医科歯科大学　大学院疾患生命科学研究部）
“診療情報と分子情報の網羅的データベース（iCOD）の構築”

15:20-16:00  コーヒーブレイク
企業展示、および学術ポスター展示

16:00-17:30  セッション３：創薬情報学とAHeDD
企画: 秋山　泰　（IPAB理事長，創薬情報学WG主査 / 東京工業大学）
16:00-16:30   Prof. Kyoung Tai No (Yonsei University / BMDRC, Korea)
“Development of e-Organ and It's Application for Drug Repositioning”
16:30-17:00   広川貴次　（産業技術総合研究所　生命情報工学研究センター）
“活性部位形状フィンガープリントを用いたバーチャルスクリーニング”
17:00-17:30   Prof. Weiliang Zhu (DDDC, SIMM, China) 
“Exploring Functional Conformations of Target Protein for Drug Discovery by Molecular Dynamics”

17:30   終了予定

18:00-20:00    懇親会
ビヤステーション恵比寿 （恵比寿ガーデンプレイス内）
参加費2,000円（予定）

10:30-10:45  AHeDDプロジェクトの紹介

Prof. Kyoung Tai No (Yonsei University / BMDRC, Korea)
Prof. Weiliang Zhu (DDDC, SIMM, China)
Prof. Yutaka Akiyama (Tokyo Tech., Japan)

10:45-12:15  セッション４:  Frontiers of Drug Discovery Research
Chair: Prof. Kyong Tai No (Yonsei University / BMDRC, Korea)
10:45-11:15   Prof. Hong Gil Nam (POSTECH, Korea)
“Molecule-Level Imaging of Pax6 mRNA Distribution in Mouse Embryonic Neocortex by Molecular Interaction Force Microscopy”
11:15-11:45   Prof. Yun Tang (East China Univ. of Science and Technology, China)
“New potential inhibitor binding sites identified in HIV-1 integrase”
11:45-12:15   Dr. Tohru Natsume (BIRC, AIST, Japan)
“Systematic Analysis of Protein Interaction Networks”

12:15-13:30  昼休み

企業展示、および学術ポスター展示

13:30-14:20  特別講演
Prof. Toshihisa Ishikawa (Tokyo Tech, Japan)
“Transporter mechanism-based drug molecular design: High-speed
screening, QSAR analysis, and molecular orbital calculation”

14:20-15:20  セッション５:  Challenges for Important Targets
Chair: Prof. Weiliang Zhu (DDDC, SIMM, China)
14:20-14:50   Prof. Baik Lin Seong (Yonsei University, Korea)
“Common Vaccine Platform for Seasonal and Pandemic Influenza”
14:50-15:20   Dr. Tomoko Niwa (Nippon Shinyaku Co., Ltd., Japan)
“Elucidation of Characteristic Structural Features of Protein Kinases: A Neural Network Approach”

15:20-16:10  ポスター発表
講演者の説明付き　　　コーヒーサービス

16:10-17:40  セッション６:  Novel Computing Techniques for Drug Design
Chair: Prof. Hiroshi Chuman (The University of Tokushima, Japan)
16:10-16:40   Prof. Jianfeng Pei (Peking University, China)
“De novo drug design - to be a more practical approach”
16:40-17:10   Dr. Kunqian Yu (DDDC, SIMM, China)
“Drug discovery Grid of China”
17:10-17:40   Dr. Toshio Watanabe (RICS, AIST, Japan)
“Molecular Orbital Calculation for Large Molecule with Sakurai-Sugiura Method on Grid Computing Environment”

17:40   閉会の辞

*デモンストレーション・ブース、展示等
E01: （株）フィックスターズ
E02: （株）情報数理研究所
E03: 東京工業大学　グローバルＣＯＥ　「計算世界観の深化と展開」
E04: （株）ベストシステムズ
E05: （株）日本アイ・ビー・エム
E06: ClearSpeed Technology, Inc.
E07: エヌビディア　ジャパン　／　（株）エルザ　ジャパン
E08: サイエンス・テクノロジー・システムズ（株）

*ポスター発表リスト
P01: Shen J, Liu GX, Tang Y* (ECUST): “In silico prediction of blood-brain partitioning using a chemometric method called genetic algorithm based variable selection (GAVS).”
P02: Jing Chen, Jianfeng Pei, Dengguo Wei, Qingliang Li, Luhua Lai (Peking Univ.): “Improving virtual screening efficiency by receptor-based pharmacophore model”
P03: Kunqian Yu (DDDC, SIMM): “Drug discovery Grid of China”
P04: Kwang-Hwi Cho, Jeong-Hyun Kim (SoongSil Univ.): “SABA: Secondary structure Assignments program Based on Alpha Carbon”
P05: Ky-Youb Nam, Hanjo Kim (BMDRC): “In silico Integrated Drug Profiling System against Influenza Virus”
P06: Jong Young Joung (Yonsei Univ.): “Property-Weighted Vector driven Docking Algorithm Using Solvation Free Energy Density (SFED) model”
P07: Hwan You (Yonsei Univ.): "Prediction of Binding Free Energy of Protein-Protein complex using Statistical Mechanics Methods"
P08: Hyoungjun Son (Yonsei Univ.): “In silico prediction for phase II enzyme selectivity of UGT and SULT substrates”
P09: Hankil Son (Yonsei Univ.): "Classification of phase II metabolizing enzymes"
P10: Chang Joon Lee (Yonsei Univ.): "RP-Path : A Robust Method for Search Smallest Set of Smallest Rings (SSSR) with Path Included Distance (PID) Matrix"
P11: Young Mook Kang (Yonsei Univ.): "Prediction of Metabolism using MNA Descriptor and Artificial Neural Network"
P12: Su Yeon Kim (Yonsei Univ.): “Development of novel chemicals blocking export of glycogen synthase kinase 3 (GSK3) from nucleus to cytoplasm”
P13: Se Han Lee (Yonsei Univ.): “Solvation Free Energy Calculation Method with the SFED and GSFED Model”
P14: Hiroaki Umeda (RICS, AIST): "FMO-MO - molecular orbitals of the fragment molecular orbital method -"
P15: Hiroaki Umeda (RICS, AIST): "Grid-enabled large Fock matrix construction for FMO-MO method"
P16: Fumikazu Konishi, et.al  (Tokyo Tech): “The speed-up of  Crystallography & NMR System (CNS) with hardware SIMD accelerator”
P17: Fumikazu Konishi, et.al  (Tokyo Tech): “Development of an instant accelerator environment with Knoppix technology”
P18: Satoshi Matsuoka, Yutaka Akiyama, Akira Nukada, Toshio Endo, Yasuhiko Ogata, Fumikazu Konishi (Tokyo Tech): "HPC-GPGPU: Large-Scale Commodity Accelerated Clusters and its Application to Advanced Structural Proteomics"
P19: Naoya Maruyama, Akira Nukada, Satoshi Matsuoka (Tokyo Tech): “Preliminary Evaluation of Software-Based Memory Fault Tolerance in GPGPU"
P20: Kouta Toshimoto, et.al (Tokyo Tech): “In silico prediction of major drug clearance pathways by machine learning techniques”
P21: Yutaka Akiyama, et.al (Tokyo Tech): “A GPGPU-based ultra fast sequence comparison system for mapping short DNA fragments onto human/mouse full genome sequence”